Las ballenas jorobadas migran aquí cada invierno desde las aguas de Alaska para parir y amamantar en las cálidas y protegidas aguas poco profundas de la bahía de Maalaea, lo que convierte al puerto en la ruta más corta hacia la congregación más densa de grupos reproductores en las aguas de Hawái. El puerto en sí fue dragado e inaugurado en 1952 para servir a la pesca comercial y al transporte de carga entre islas, pero en la década de 1970, los operadores de observación de ballenas recreativas se habían apoderado de los muelles interiores, atraídos por la proximidad al canal y por el refugio que ofrece el rompeolas durante las salidas a primera hora de la mañana. Hoy en día, el puerto alberga más de una docena de embarcaciones turísticas marinas certificadas, cada una obligada a seguir las distancias de aproximación y los límites de velocidad exigidos por la NOAA dentro del Santuario Marino Nacional de Ballenas Jorobadas de las Islas Hawái.
Las excursiones de avistamiento de ballenas en Maalaea, Maui, parten de los muelles a lo largo del brazo sur del puerto, donde embarcaciones que van desde lanchas semirrígidas hasta catamaranes de sesenta pies embarcan pasajeros entre las 6:30 y las 10:00 a.m. La ventana de salida temprana reduce el oleaje provocado por el viento y maximiza la probabilidad de encontrar ballenas activas en la superficie antes de que lleguen los vientos térmicos del mediodía. Maalaea Whale Watch Trilogy opera una de las flotas más antiguas del puerto, con viajes guiados por naturalistas que priorizan la escucha con hidrófono y la observación del comportamiento sobre la velocidad. Los tours de avistamiento de ballenas en la bahía de Maalaea suelen durar de dos a tres horas, rodeando las aguas costeras donde las madres y las crías descansan a profundidades de treinta a sesenta pies. Los comportamientos en la superficie (golpes pectorales, coletazos, saltos) ocurren con mayor frecuencia en estas zonas poco profundas, donde las crías practican sus habilidades motoras bajo supervisión materna.
La temporada de tours de avistamiento de ballenas en Maalaea Harbor va desde mediados de diciembre hasta abril, alcanzando su punto máximo en febrero y marzo, cuando la densidad de grupos alcanza su máximo anual. Los barcos que salen de los muelles de tours de avistamiento de ballenas de Maalaea Harbor cubren menos aguas abiertas que los tours que salen de Lahaina o Kihei, lo que reduce el tiempo de tránsito y extiende la ventana de observación. La ubicación del puerto también coloca a los barcos en el camino de los grupos que se dirigen al norte y abandonan la bahía para reunirse con la población principal del canal de Auau. Las ofertas de cruceros en catamarán para el avistamiento de ballenas en Maalaea Harbor incluyen chárteres compartidos y privados, con capitanes certificados capacitados en identificación de ballenas y monitoreo acústico. Los hidrófonos a bordo permiten a los pasajeros escuchar las vocalizaciones de baja frecuencia que producen los machos jorobados durante los despliegues de cortejo, una capa sónica ausente en la observación desde tierra. El puerto permanece operativo todo el año, con chárteres de esnórquel y buceo que reemplazan a los tours de ballenas durante los meses de temporada baja cuando las jorobadas regresan a las zonas de alimentación del norte.
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